Diplomarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2021

Ziel der vorliegenden Diplomarbeit war es, Chlamydien sowie andere potenzielle respiratorische Infektionserreger (Pathobionten) in einem Schlangenbestand (Familie Viperidae) mit vorangegangenen Chlamydien-assozierten Atemwegserkrankungen in Choanen- und Kloakentupferproben nachzuweisen. Es war hierbei von besonderem Interesse, asymptomatische Trägertiere zu identifizieren, um infolge durch entsprechende Maßnahmen eine weitere Erregerausbreitung im Bestand zu verhindern und dabei mögliche Infektketten zu durchbrechen. Der Erregernachweis erfolgte durch Kultivierung mit anschließender massenspektrometrischer Identifikation der Erregerisolate mittels MALDI-TOF. Die massenspektrometrisch nicht identifizierbaren Bakterienisolate wurden durch Analysen des 16S rRNA-Gens (Bakterien, Mykoplasmen), der 16S-23S intergenischen Spacersequenz (Mykoplasmen) und eines rpoB-Genfragments (Mykoplasmen) taxonomisch eingeordnet. Die Identifizierung der nachgewiesenen Pilzisolate erfolgte ausschließlich über Analyse der ITS1- 5.8 rRNA-ITS2-Sequenzen. Chlamydien und Mykobakterien wurden durch den Einsatz von generischen PCR-Systemen nachgewiesen und anschließend durch Amplikonsequenzierung klassifiziert. Da die untersuchten Schlangen zum Zeitpunkt der Beprobung keine klinischen Symptome aufwiesen, können die nachgewiesen Mikroorganismen als Komponenten der autochthonen Mikrobiota bei Giftschlangen angesehen werden. Einige der nachgewiesenen Bakterienarten sind jedoch auch als opportunistische Erreger von Atemwegserkrankungen bei Schlangen bekannt. Zu den am häufigsten nachgewiesen Bakterien gehörten Staphylococcus xylosus (n=32), Salmonella enterica (n=18), Stenotrophomonas maltophilia (n=8), Pseudomonas aeruginosa (n=22), Enterococcus faecalis (n=25), Morganella morganii (n=40), Staphylococcus sciuri (n=18), Providencia rettgeri (n=20), Bordetella hinzii (n=11), Falsarthrobacter sp. (n=10) und Citrobacter freundii (n=10). Haufiger nachgewiesene Pilze waren Alternaria alternata (n=4), und Aspergillus westerdijkiae (n=3). Zudem gelang der molekulargenetische Nachweis von Chlamydien (n=23) und Mycobacterium avium (n=21) sowie der kulturelle Nachweis von zwei bislang unbeschriebenen Mykoplasmenarten (n=10). Zusammenfassend konnten durch die Anwendung mikrobiologisch-diagnostischer Standardverfahren asymptomatische Trägertiere von Chlamydien und weiteren potenziellen respiratorischen Infektionserregern im Schlangenbestand identifiziert werden. Außerdem lieferte die Arbeit einen Überblick Über die natürlich auftretenden Mikrobiota in Choane und Kloake bei Giftschlangen aus der Familie Viperidae. Der Nachweis von nicht-klassifizierbaren Erregern schuf außerdem eine Basis für weitere Untersuchungen, die zur Beschreibung neuer mikrobieller Taxa fuhren konnten.

This diploma thesis aimed at detecting chlamydia and other respiratory pathobionts in choanal and cloacal swab samples taken from individuals of a snake collection (family Viperidae) with a history of chlamydia-associated respiratory disease. It was of particular interest to identify asymptomatic carrier animals and in consequence, to apply appropriate measures in preventing further spread of the pathogens and to interrupt possible chains of infection. Bacteria and fungi were isolated from swab samples by cultivation and bacterial isolates were identified using MALDI-TOF. Bacterial isolates unidenfiable to the species level by mass spectrometry were submitted to 16S rRNA gene (bacteria, mycoplasmas), 16S-23S intergenic spacer (mycoplasma), and partial rpoB (mycoplasmas) sequence analyses. Fungal isolates were identified by sequencing the ITS1-5.8 rRNA-ITS2 spacer region. Chlamydia and mycobacteria were detected by employing generic PCR systems and subsequently classified by amplicon sequencing. Since the snakes examined did not exhibit clinical symptoms at the time of sampling, the microorganisms detected may be considered as components of the autochthonous microbiota in venomous snakes. However, some of the isolated bacterial species are known opportunistic pathogens that may cause respiratory disease in snakes under certain circumstances. The most frequently isolated bacteria were Staphylococcus xylosus (n=32), Salmonella enterica (n=18), Stenotrophomonas maltophilia (n=8), Pseudomonas aeruginosa (n=22), Enterococcus faecalis (n=25), Morganella morganii (n=40), Staphylococcus sciuri (n=18), Providencia rettgeri (n=20), Bordetella hinzii (n=11), Falsarthrobacter sp. (n=10), and Citrobacter freundii (n=10). More commonly isolated fungi were Alternaria alternata (n=4) and Aspergillus westerdijkiae (n=3). In addition, chlamydia and Mycobacterium avium were detected by PCR in 23 and 21 swab samples, respectively, and two undescribed Mycoplasma species were isolated from 10 choanal swabs. In summary, by applying standard microbiological procedures asymptomatic animals that carried chlamydia and other respiratory pathobionts were identified in the snake collection. Furthermore, the study results provide an overview of the autochthonous microbiota residing in the choana and cloaca of venomous snakes (family Viperidae), and the detection of 50 unclassifiable bacteria

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