Diploma thesis - University of Veterinary Medicine Vienna - 2021

The aim of this study was to determine the prevalence of LindaV in the Austrian pig population. For this, 637 archived serum samples from 132 pig farms in five different federal states of Austria were analyzed. The porcine serum samples were collected between the years 2015 and 2020. The as “gold standard” established serum neutralization test (SNT) was used for the detection of neutralizing antibodies against LindaV. Only a single serum sample showed LindaV-neutralizing-antibodies (prevalence of 0.15%). Interestingly, this sample derived from a farm (farm O) a few kilometers away (10 km) from the location of the first virus detection. For further investigations in the respective farm, 57 additional samples from farm O were analyzed, with several sera showing intermediate to high neutralizing antibody titers. In addition, all serum samples were examined in pools for LindaV genome by RTqPCR. LindaV RNA was not detectable in any of the pooled sera, but a seronegative serum from farm O, showed a positive result in the RT-qPCR assay. This sample was further analyzed in a conventional RT-PCR, covering the E2 coding region, and the sequence was determined by Sanger sequencing. Sequence analysis revealed an identity of 97% (based on the nucleotide sequence) and 95% (based on the amino acid sequence) compared to the originally found LindaV sequence. Thereby it was not only possible to determine the prevalence of LindaV between 2015-2020 (0.15%), but also to identify a novel LindaV strain.

Diplomarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2021

Ziel dieser Arbeit war es die Prävalenz des LindaV in der österreichischen Schweinepopulation zu bestimmen. Dafür wurden 637 archivierte Serumproben aus den Jahren 2015-2020 herangezogen, welche aus funf unterschiedlichen österreichischen Bundesländern stammten. Als Nachweismethode wurde der als „Goldstandard“ geltende Serumneutralisationstest (SNT) verwendet. Dabei zeigte eine der Proben LindaVneutralisierende Antikörper (Pravalenz von 0,15%). Interessanterweise stammte sie aus einem Betrieb (Betrieb O) nur wenige Kilometer entfernt vom Ort des ersten Virusnachweises. Zur weiteren Untersuchung dieses neuen LindaV-Stammes wurden zusätzliche 57 Proben vom Betrieb O herangezogen, wobei zahlreiche Seren LindaVneutralisierende Antikörper zeigten. Zusätzlich wurden alle Serumproben in 5er-Pools in einer LindaV RT-qPCR auf das Vorhandensein von LindaV Genom untersucht. Auf diese Weise fanden wir LindaV-RNA in einer der Proben vom Betrieb O, welche wir zur weiteren Charakterisierung im E2 codierenden Bereich sequenzierten. Die so erhaltene E2 Sequenz wurde mit jener des LindaV-Stammes des Erstausbruches verglichen und auf Mutationen untersucht. Dabei waren 25 Punktmutationen in einer 912nt Sequenz nachweisbar, wodurch die Annahme eines neuen LindaV-Stammes bewiesen war. So konnte mit dieser Arbeit nicht nur die ursprünglich gesuchte Prävalenz von LindaV zwischen 2015-2020 bestimmt werden (0,15%), sondern auch der bisher einzige neue Stamm von LindaV nachgewiesen werden.

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