Diploma thesis - University of Veterinary Medicine Vienna - 2023

The objective of the study was to precisely describe the microbiome, both qualitatively and quantitatively, in the uterus and fallopian tubes of healthy cows and of cows with clinical endometritis. Despite the important role of the oviduct for fertility, to our knowledge, no study has examined bacteria in the oviduct of living cattle by repeated sampling. In our study were 22 Simmental dairy cows included and sampled on day 28 and 56 postpartum. A cytobrush sample from the uterus and an oviduct flush sample via transvaginal endoscopy were taken respectively. After the samples were processed in the lab, qPCR was carried out. 16S rRNA sequencing was used to determine the bacteria's taxonomy. The uterus and oviduct of healthy cows contain a wide variety of microorganisms. In contrast to cows with endometritis, healthy cows tended to have a different microbiome. The four most abundant bacteria found in the healthy uteri were Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetes. Whereas in the diseased uteri were Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria in the top 4. The four most abundant bacteria found in the healthy fallopian tubes were Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria. In the fallopian tubes with disease dominated Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes and Actinobacteria. A main challenge in this project was the microbial load in the negative controls and the process controls, which was even higher than in some of the samples. Due to this greater microbial load in the negative controls, it was difficult to identify and eliminate the contaminants in the samples. Nevertheless, our study provides a strong foundation for future research that will strengthen its techniques. This work also demonstrates the enormous potential for future investigation of the uterus and oviduct microbiome.

Diplomarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2023

Ziel dieser Studie war es, das Mikrobiom im Uterus und in den Eileitern von gesunden Kühen und von Kühen mit klinischer Endometritis qualitativ und quantitativ zu beschreiben. Trotz der wichtigen Rolle des Eileiters für die Fruchtbarkeit hat unseres Wissens nach keine Studie die Bakterien im Eileiter von lebenden Kühen untersucht. In die Studie wurden 22 Fleckviehkühe aufgenommen und am 28. und 56. Tag postpartum beprobt. Von jeder Kuh wurde eine Cytobrush-Probe aus der Gebärmutter und eine Eileiter-Spülprobe mittels transvaginaler Endoskopie entnommen. Nach der Verarbeitung der Proben im Labor wurde eine qPCR gemacht. Zur Bestimmung der Bakterientaxonomie wurde eine 16S rRNA Gen-Sequenzierung durchgeführt. Die Gebärmutter und die Eileiter gesunder Kühe enthalten eine große Vielfalt an Mikroorganismen. Im Gegensatz zu Kühen mit Endometritis haben gesunde Kühe ein anderes Mikrobiom. Die vier häufigsten Bakterien, die in den gesunden Gebärmüttern gefunden wurden, waren Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria und Bacteroidetes. Im Gegensatz dazu befanden sich in den kranken Gebärmüttern Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes und Actinobacteria unter den Top 4. Die vier wichtigsten Bakterien in den gesunden Eileitern waren Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes und Actinobacteria. In den kranken Eileitern dominierten Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes und Actinobacteria. Eine große Herausforderung bei diesem Projekt war die mikrobielle Belastung in den Negativkontrollen und den Prozesskontrollen, die teilweise höher war, als in den Proben. Aufgrund dieser höheren mikrobiellen Belastung in den Negativkontrollen war es schwierig, die Kontaminanten in den Proben zu identifizieren und zu eliminieren. Nichtsdestotrotz bietet unsere Studie eine solide Grundlage für künftige Forschungsarbeiten zur Verbesserung der methodischen Verfahren. Diese Arbeit zeigt auch das enorme Potenzial für zukünftige Studien des Mikrobioms von Gebärmutter und Eileiter.

application/pdf

43 Blätter