Diplomarbeit - Veterinärmedizinische Universität Wien - 2022

Das equine Coronavirus (ECoV, Spezies Betacoronavirus 1) konnte im Jahr 1999 erstmals aus dem Kot eines an Diarrhoe leidenden Fohlens isoliert werden (ECoV-NC99). In den letzten zwei Jahrzehnten wurde in Europa, Asien und Amerika immer wieder vom sporadischen Auftreten oder von ECoV-Ausbrüchen berichtet. Die Virusübertragung erfolgt fäkal-oral, einhergehend mit einer ECoV-Infektion treten häufig Anorexie, Lethargie, Diarrhoe und Kolik auf, aber auch asymptomatische Infektionen sind möglich. ECoV gehört den behüllten Positivstrang-RNA-Viren an, das Genom umfasst etwa 27 bis 32 kb, an der Oberfläche sind für Coronaviren charakteristische Peplomere entdeckt worden. Im Rahmen der Diplomarbeit wurde ein Plasmid (ECoV_N) durch T-Vektor-Klonierung generiert und eine RT-qPCR zum Nachweis des N-Gens von ECoV etabliert (ECoV_N-Gen-RT-qPCR). Diese PCR wurde mit der bisher am Institut für Virologie der Vetmeduni Vienna verwendeten RT-qPCR (BetaCoV1-RT-qPCR) zum Nachweis für Betacoronaviren 1 (BCoV, CRCoV, ECoV) durch die Herstellung von Verdünnungsreihen zweier Plasmide zur Quantifizierung und anschließender Analyse von 25 Feldproben verglichen. Die beiden RT-qPCRs erwiesen sich als sensitive Methoden zur Diagnose einer ECoV-Infektion. Mit den PCRs konnten 10 GE/μl in der Reaktion und somit 4,29 x 104 GE/g Probe detektiert werden. Die Ergebnisse der Testung der 25 Feldkotproben deckten sich qualitativ. Verglichen mit der ECoV_N-Gen-RT-qPCR stellte die BetaCoV1-RT-qPCR bei elf von 19 positiven Proben einen höheren Gehalt an GE/g Kotprobe fest. Zukünftig können am Institut Kotproben mit der neu etablierten RT-qPCR zum Nachweis des N-Gens von ECoV analysiert und quantifiziert werden.

In 1999 the equine coronavirus (ECoV, species betacoronavirus 1) was isolated for the first time from feces of a foal suffering from diarrhea (ECoV-NC99). During the last two decades, sporadic occurence or ECoV-outbreaks have been reported in Europe, Asia and America. Virus transmission occurs fecal-oral, an ECoV-infection is frequently accompanied with anorexia, lethargy, diarrhea and colic, but asymptomatic infections are also possible. ECoV belongs to the enveloped positive-strand-RNA-viruses, the genome comprises about 27 to 32 kb and peplomeres, characteristic for coronaviruses, have been discovered on the surface. In this thesis, a plasmid (ECoV_N) was generated by T-vector-cloning and a RT-qPCR was established for the detection of the N-Gene of ECoV (ECoV_N-Gen-RT-qPCR). This PCR was compared with the, currently at the institute of virology of Vetmeduni Vienna used, BetaCoV1_RT-qPCR for detection of betacoronavirus 1 (BCoV, CRCoV, ECoV) by serial dilutions of two plasmides for quantification and subsequent analysis of 25 field samples. Both RT-qPCRs were found to be sensitive methods for diagnosing an ECoV infection. The detectionlimit for both PCRs was 10 GE/μl/reaction and thus 4,29 x 104 GE/g sample. The results of the analysis of 25 field samples coincided qualitatively. Compared to the ECoV_N-Gen-RT-qPCR, the BetaCoV1-RT-qPCR detected an higher amount iF GE/g sample in eleven of 19 positive samples. In the future, it is possible to analyse and quantificate fecal samples with the new established RT-qPCR for the detection of the N-Gen of ECoV.

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